Sin embargo no fue así; los conquistadores se enfrentaron una dura oposición a pesar de nunca estar cohesionada, durante algunos periodos los
Pehuenches,
mapuches,
Huilliches,
Picunches y
Cuncos, hicieron causa común, colocando en los más duros aprietos la conquista y
colonización de sus territorios. Los Mapuches previamente ya tenían experiencia reciente en relación a enfrentar a ejércitos extranjeros, ya que se habían enfrentado aproximadamente unos 80 años antes a los ejércitos
incas comandados por
Túpac Yupanqui en la zona del
río Maule en la llamada
Batalla del Maule,
1 estableciéndose de esta manera los límites del
Imperio inca en la ribera de este río, a unos 250 km al sur de la actual capital de Chile, zona habitada por los picunches. La larga lucha contra el
Tahuantinsuyo dejará su legado, de hecho para la cosmovisión mapuche la llegada de los españoles fue percibida como un nuevo tipo de invasor inca, de ahí el nombre que les pusieron "winkas", el que aún se emplea para los chilenos.
Según varios cronistas
españoles y la posterior tradición popular chilena, los mapuches ("gente de la tierra" en idioma
mapudungún), mantuvieron un espíritu de lucha permanente, lograron aprender rápido cómo enfrentar a los españoles, aprovecharon su geografía llena de bosques y montañas para organizar guerrillas, ademàs que demogràficamente eran superiores a los pueblos picunches y
diaguitas sometidos a los españoles y aliados de estos. Estos conceptos se resaltan en la obra épica "
La Araucana", escrita a principios de la
colonia por
Alonso de Ercilla.
Estas razones ocasionaron una reñida
guerra de guerrillas, sin mostrar un vencedor evidente, pues tras la resistencia mapuche, los conquistadores se vieron obligados varias veces a despoblar y a retirarse de las zonas territoriales indígenas. La explicación a comportamientos militares tan distintos está en la geografía, el paisaje de estepa del Valle Central de Chile en la zona de
Santiago no permitía la lucha de guerrillas ni se disponía de alimentos en la cordillera para refugiarse ahí. No era la misma situación en la zona austral donde los montes y la
selva valdiviana favorecían la lucha guerrillera y hacían difícil el triunfo hispano.
Hubo más de un momento en que la colonización de Chile estuvo a punto de detenerse.
Hubo muchos combates en que alternativamente la victoria se pasaba de bando en bando. Asimismo hubo intentos de paz y períodos de paz aparentes seguidos de largos períodos de estado de guerra. Los españoles se convencieron finalmente de que cualquier intento de paz era inútil y que sólo obtendría la victoria por la fuerza.
Las pestes tales como el
tifus, la
viruela, el denominado "
chavalongo" y otras enfermedades, afectaron gravemente a los indígenas, entorpeciendo su participación en la guerra. La guerra se fue desgastando en el último tercio debido, en parte, al mestizaje entre los ibéricos y mapuches, ya que el indígena en sus
malones secuestraban las
mujeres españolas y los conquistadores españoles que no tenían muchas mujeres consigo, en sus "malocas" hacían lo mismo. En el fondo, los hombres de ambos bandos raptaban a las mujeres del enemigo. Por eso es que es difícil hablar de una "raza" pura predominante en Chile.